南昌运输职业技术学校为加快现代职业教育体系建设，也积极开展校校、校企合作，先后与华东交通大学等院校合作，与江西青年职业学院、江西机电职业技术学院联合培养“3 + 2”中高职衔接大专班。目前我校对接了省内5所院校的“3+3”单招大专班，并且与南昌、上海、杭州、南京、武汉、合肥等地知名企业和上市公司商谈开展校企专业共建及毕业生实习实训与就业的无缝链接合作。

2018年6月，南昌运输职业技术学校引进华东交通大学理工学院的投资举办方，投资举办南昌运输职业技术学校。学校依托华东交通大学理工学院的本科院校教育优势，在学科建设、师资队伍、实验实训室、校园信息化、党团建设、学校管理服务等方面开展共建共享与教育帮扶战略合作，为学校推进和深化多元办学机制和打通学生继续升学深造通道探索出了一条新路，开创了江西省中职教育与本科教育办学资源互融共通的历史先河，也是我校贯彻落实国务院颁布的《国家职业教育改革实施方案》（也称“职教20条”）精神的探索、创新与实践。